Стефан Дечев завършва история в Софийския университет „Св. Кл. Охридски“. Специализира в Амстердамския университет и Централноевропейския университет в Будапеща. Доктор по история и доцент по нова и съвременна българска история и историография. Бил е гост-преподавател в Университета Комплутенсе в Мадрид. Автор е на книгите „Политика, пол, култура. Статии и студии по нова българска история“ (2010) „Who are Our Ancestors?: ,Race’, Science, and Politics in Bulgaria 1879-1912“. (2010). Съставител и научен редактор на  сборника „В търсене на българското: Мрежи на национална интимност XIX-XXI София: Институт за изследване на изкуствата (2010). Преподава в Югозападния университет в Благоевград и Софийския университет.

В момента (2017 г.) гост-преподавател и изследовател в Центъра за Югоизточноевропейски изследвания към Университета в Грац, Австрия.